Das Management der Natura 2000-Gebiete ist das zentrale Instrument zur Umsetzung der Schutzziele der FFH- und Vogelschutzrichtlinie und zum Erhalt der biologischen Vielfalt in Deutschland. Es umfasst die Erstellung von Managementplänen genauso wie die Gebietsverwaltung und die Öffentlichkeitsarbeit.
Außerdem dient auch die  FFH-Verträglichkeitsprüfung der Umsetzung dieser Schutzziele, dargestellt z. B. im EU-Leitfaden  "Natura 2000 Gebietsmanagement".

Nach dem Abschluss der Meldung der FFH- und Vogelschutzgebiete in Deutschland kommt es in Zukunft vornehmlich darauf an, den Schutz der biologischen Vielfalt in der Praxis durch ein geeignetes und effektives Management der Gebiete zu etablieren bzw. fortzusetzen. Dabei ist unter Management der gesamte Prozess von der Erstellung der  Managementpläne bis zur Durchführung konkreter Maßnahmen oder Erfolgskontrollen zu verstehen, der zur Umsetzung der Erhaltungs- und Entwicklungsziele der Schutzgebiete dient. Der Erfolg der Maßnahmen zum Schutz von Arten und Lebensräumen hängt wesentlich von der Kooperation mit Flächeneigentümern und -nutzern ab.

Die durch FFH- und Vogelschutzrichtlinie gegebenen  rechtlichen Grundlagen erfordern die Ausrichtung der notwendigen Erhaltungs- bzw. Wiederherstellungsmaßnahmen auf den Zustand der zu schützenden Arten oder Lebensräume im Gebiet. Übergeordnetes Ziel ist es dabei, einen  günstigen Erhaltungszustand dieser Lebensraumtypen und Arten auf biogeografischer Ebene zu erreichen.

Einen ersten Überblick über das Management für Natura 2000-Gebiete in Deutschland und ausgewählten anderen Mitgliedstaaten der EU gibt der  Tagungsband NaBiV 26. Die Bundesländer haben inzwischen die Erstellung von Managementplänen voran getrieben und sind über den 2006 festgestellten  Stand der Umsetzung weit hinaus.

In Deutschland werden die konkreten Maßnahmen zur Bewahrung und Verbesserung des Erhaltungszustandes der Arten und Lebensraumtypen der FFH-Richtlinie teils über amtliche und teils über ehrenamtliche Biotoppflege, Artenhilfsmaßnahmen oder Naturschutz- und Agrarumweltprogramme durchgeführt. Sie werden i. d. R. auf örtlicher bis regionaler Ebene geplant. Gleichzeitig können Managementerfordernisse aber auch anhand des Erhaltungszustands auf der Ebene der  biogeografischen Regionen abgeleitet werden. Sie können dann durch überregionale Programme (z. B. Artenhilfsprogramme) erfüllt werden.

Zur Erhaltung und Förderung der unterschiedlichen Lebensraumtypen und Arten in den einzelnen Schutzgebieten sind spezifische und an die jeweiligen örtlichen Gegebenheiten angepasste Maßnahmen und Strategien zu ergreifen. Einige Grundsätze des Natura 2000-Managements wurden während einer BfN-Tagung im April 2008 erarbeitet ( NaBiV 69, Tagungsband). Die Rahmenbedingungen für ein Natura 2000-Management bei Klimaänderungen sind bereits im August 2006 beleuchtet worden ( NaBiV 46, Tagungsband). Spezielle Aspekte des  Offenlandmanagements außerhalb landwirtschaftlicher Nutzflächen sind bei einer gleichnamigen BfN-Tagung im Juni 2008 erörtert worden ( NaBiV 73, Tagungsband).

Für ein erfolgreiches Management der Natura 2000-Gebiete ist die  Kooperation mit Nutzern der Flächen unverzichtbar, wobei zumeist Land- und Forstwirtschaft im Vordergrund stehen.

Schließlich gibt es auch Natura 2000-Gebiete, in denen sich die Natur ohne jegliche Einflussnahme des Menschen entwickeln kann oder soll. Solche Flächen, die sich zu  Wildnis entwickeln sollen, sind ins Natura 2000-Management einzubeziehen, insbesondere um ihre naturschutzfachlichen Ziele zu dokumentieren und erforderliche Begleitmaßnahmen in ihrer Umgebung festzulegen (Zonierung).